Die Martinikirche hat den wertvollsten historischen Orgelprospekt der Stadt Braunschweig. 1630/31 wurde die Orgel von Jonas Weigel erbaut, der zuvor Geselle des berühmten Orgelbauers Gottfried Fritzsche aus Dresden war. Die reichen barocken Dekorationen wurden von Bildhauern aus Braunschweig, Hamburg und Celle gestaltet. Sie sind bis heute ein Blickfang, wenn die Kirchenbesucher nach Westen schauen. Leider sind die Pfeifen von Jonas Weigel nicht erhalten. Das heutige Pfeifenwerk entspricht nicht dem, was der Anblick des Prospektes erwarten lässt.

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Seit 1991 liegen verschiedene Gutachten vor, die alle angesichts des technischen Zustandes der Orgel und des Pfeifenmaterials und des kostbaren Prospektes andererseits zu einem Neubau dringend raten. Natürlich bemüht sich jeder Organist, dem gegebenen Instrument einen möglichst guten Klang zu entlocken. Aus diesem Grunde und vor allem wegen des sehr guten Raumklanges und des optischen Eindrucks fallen die Defizite im Klang nicht immer auf.

Um ein dem einzigartigen frühbarocken Prospekt entsprechenden Klang herzustellen und die Technik zu erneuern, ist ein Neubau unumgänglich.

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Im Oktober 1944 wurde das Pfeifenwerk der damals romantisch disponierten St. Martini-Orgel durch Bomben zerstört. Der historische Orgelprospekt war ausgelagert und wurde zum Glück gerettet. 1957 erstellte die Braunschweiger Orgelbauwerkstatt Otto Dutkowski das Rückpositiv mit neun Registern. 1969 begann die Orgelbaufirma Hillebrand / Hannover mit dem Wiederaufbau von Hauptwerk und Pedal und fügte 1972 das dritte Manualwerk hinzu.